作者：赵伟丽乌依罕*芳李世英范思远吴红龙
李永*吕艳丽韩*张武超赵焱李国丽
乔小东任海涛朱以诚彭斌崔丽英关鸿志
伪狂犬病*(PRV)又称猪疱疹病*Ⅰ型，为双链DNA病*，属于疱疹病*科中的a疱疹病*亚科[1]。同样属于a疱疹病*的单纯疱疹病*Ⅰ、Ⅱ和水痘-带状疱疹病*是人类神经系统病*感染的重要病因。猪是PRV主要自然宿主和传染来源[2]，PRV对猪具有嗜神经性，可由神经突触后向突触前神经元逆行侵染神经系统。病猪的病理学改变为脑脊髓炎、神经节炎、出血性肺炎和坏死性淋巴结炎等。PRV对人类的致病性正在被逐步认识，我们通过对病因未明的脑炎病例临床评估，应用二代测序(NGS)检测PRV等病原体，旨在发现PRV脑炎等以往未知的病*性脑炎类型，分析其临床表型。
1对象与方法
一、对象
年12月至年12月北京脑炎协助组脑炎入组病例(多中心临床登记研究)。根据《北京脑炎协助组脑炎诊断标准》(讨论稿)入组病例，收集与登记临床资料和实验室结果，进一步进行病因筛查。排除自身免疫性脑炎之后，对疑似感染性脑炎而病因未明的例患者进行脑脊液(CSF)NGS检测。研究获得医学伦理委员会审核：(1)基于脑脊液二代测序技术的CNS感染性疾病病原体检测的研究(JS-)；(2)脑炎与副肿瘤综合征登记性研究(JS-)；患方签署知情同意书。
《北京脑炎协助组脑炎诊断标准》(讨论稿)：(1)主要标准：精神状态改变(定义为意识水平下降或改变、嗜睡或人格改变)持续≥24h，合理地除外其他原因；和(或)癫痫发作，除外既往癫痫所致或单纯性热性惊厥。(2)次要标准：①起病前或起病后72h内记录到≥38℃的发热；②新出现的神经系统局灶性表现；③CSF白细胞≥5×/L；④影像学脑实质病灶提示脑炎；⑤脑电图异常，提示脑炎，除外其他原因所致。(3)符合主要标准＋2条次要标准诊断可能的脑炎，符合主要标准＋≥3条次要标准诊断很可能的脑炎。入组病例包括可能的脑炎与很可能的脑炎病例；排除标准：抗神经抗体阳性的自身免疫性脑炎予以排除。
二、脑脊液NGS
步骤：(1)DNA提取：取CSFμl，用试剂盒(TIANampMicroDNAKit)提取DNA。(2)构建DNA文库与测序：提取的DNA经超声波破碎产生～bp的片段。使用BGISEQ-测序平台(中国华大基因)构建DNA文库。利用Agilent2生物分析仪(AgilentTechnologies,美国SantaClara公司)和定量PCR进行质控。合格的DNA文库用于乳化PCR。采用BGISEQ-测序平台测序。(3)数据处理和分析：过滤掉低质量的低复杂度的序列，去除人类参考基因组序列(ftp：//ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/),获得高质量的测序数据，与MicrobialGenomeDatabase进行比对。MicrobialGenomeDatabase包含种细菌，种病*，73种真菌和48种寄生虫；疱疹病*涵盖人类疱疹病*1～6型、PRV、马疱疹病*与猴疱疹病*等。通过SoapCoverage(
